A Copa Verde de 2016 contará com 18 clubes, das Regiões Norte, Centro-Oeste e Espírito Santo. Os clubes participantes são:
Águia de Marabá-PA (Classificado via Ranking Nacional de Clubes)
Aparecidense-GO (Classificado via Estadual)
Brasília-DF (Classificado via Estadual)
Comercial-MS (Classificado via Estadual)
Cuiabá-MT (Classificado via Estadual)
Espírito Santo F.C. (Classificado via Copa ES)
Fast Clube-AM (Classificado via Copa AM)
Gama-DF (Classificado via Estadual)
Genus-RO (Classificado via Estadual)
Interporto-TO (Classificado via Estadual)
Luverdense-MT (Classificado via Ranking Nacional de Clubes)
Nacional-AM (Classificado via Estadual)
Náutico-RR (Classificado via Estadual)
Paysandu-PA (Classificado via Ranking Nacional de Clubes)
Remo-PA (Classificado via Estadual)
Rio Branco-AC (Classificado via Estadual)
Santos-AP (Classificado via Estadual)
Vila Nova-GO (Classificado via Ranking Nacional de Clubes)
